“思维”和“存在”的关系是哲学的基本问题，在远古时代这个问题以“灵魂”和“肉体”的形式出现。古人因缺乏有关于人体构造的知识，因而产生一种观念，认为他们的思维不是身体的活动，而是一种暂时寄寓在身体之中的东西。这种东西在身体死去之后，又可以挣脱出来，继续游荡于世间，人们习惯将其称为“灵魂”。
无论东方还是西方，“灵魂”的观念都盛行于初民社会。在中国，《周易》有“游魂为变”、《尚书》有“祖考来格”的说法；在印度则有六道轮回的理论。古埃及人坚信灵魂不会死去，所以才积极制造木乃伊；而古希腊的《荷马史诗》中也讲述了奥德修斯神游地府，与各种鬼魂交谈的故事。
灵魂观念产生于初民时代
随着历史的发展，灵魂观念与古代那些神圣不可侵犯的习俗一起流传了下来，被各大宗教采纳为教义，不容许任何质疑。教士们声称灵魂是独立于物质的东西，它不生不灭，是生命、思维与感觉得以出现的原因。然而对于这些毫无根据的断言，约翰·洛克都嗤之以鼻。他抱着怀疑的态度，采用物理学的方法，对人类的理智进行一番剖析之后，才意味深长地说：“我无法设想，灵魂永远思想的必然性竟会大于肉体的永远运动。”——他通过怀疑人能否永远思想来动摇灵魂不死的理论。
洛克的这一观点启发了伏尔泰。1730年伏尔泰因写了一篇附和洛克的文章，结果反而遭到宫廷与教会的迫害，这件事给他留下了终生阴影，认识到思想自由的重要性。在晚年所写的《哲学辞典》中，伏尔泰大胆地说：
“思想自由是无境界限制的，这种自由本是知识之母，并且是人类理性的最初动力；心肠狠毒、嫉妒成性、见识浅薄之辈，借口邪说危险，竭力压制我们这种思想自由。”
然而他并不打算屈服，在《灵魂》的词条里，伏尔泰再次对教会发起进攻，揭露宗教迷信的荒谬逻辑，继续捍卫洛克的启蒙思想。
晚年的伏尔泰继续向灵魂观念发起挑战
“灵魂”究竟是什么意思？
灵魂这词在希腊文中写作πνευμα（嘘气），在一般情况下就是“使之有活力”的意思。《创世纪》里说上帝向人脸上吹一口气，就赋予了灵魂；而在中国神话里，也是神灵呼出一口仙气，便可使事物拥有活力。为了表达这层含义，希腊哲学家们要编出了许多概念，例如阿那克萨的“奴斯”、亚里士多德的“隐德莱希”等等，它们都被视为能够使肉体活动起来的原因，实际上就是灵魂的另一种说法。
在希腊人的观念中，灵魂分为三种，第一种是气或心灵的灵魂，可延伸为生命；第二种是感觉的灵魂；第三种则是智慧的灵魂。因为灵魂是“使之有活力”的意思，所以“气（或心灵）的灵魂”就是指使之具有生命力；“感觉的灵魂”就是指使之具有感觉能力；而“智慧的灵魂”便是指使之拥有思维能力。也就是说，灵魂是生命、感觉和思想的起因。
当你问一个希腊人“我们为什么有生命、能感觉、能思想”时，他会回答你说：“因为我们有灵魂”。
而当你继续追问“灵魂究竟是什么”时，他又会说：“灵魂就是使你有生命、能感觉、能思想的东西。”
这样，答案就在鸡生蛋、蛋生鸡的逻辑中打转。你皈依一门宗教、追随某位教士，整日苦思冥想也没法弄明白灵魂的本质。到了最后，师父才对你说，这个问题是无法思考的，让咱们把一切都交付给信仰吧——灵魂乃是上帝赐予我们的恩典，而上帝是神圣不可知的。
这种关于灵魂的遁词只能忽悠缺乏理性的信徒，却无法说服睿智的哲学家——因为哲学家大多是讲逻辑的。正因为灵魂论者无法给解释灵魂的确切含义，所以伏尔泰认识“灵魂”这个词代表着空洞与无知，他说：
“灵魂是一个含义不清的名词，它表示我们自身感觉到的已知效果的未知本原。”
初民时代，人们的认识水平还很低，对于许多现象给不出合理的解释，于是他们就制造出了“灵魂”这个词，用它来充当“未知本原”，把问题搁置起来。
灵魂论者无法解释清楚灵魂的本质
用科学精神来承认自己对灵魂的无知
人们把未知的东西归因给灵魂，然后再围绕着灵魂进行无休止的争论，每个人都认为自己全知全能，可以解释一切未知的东西。他们声称灵魂具有非物质性，能够不生不灭，是生命、感觉和思维的起因。然而他们不知道，灵魂并不是像金属一样的东西——我们要认识金属，就得观察它的外形、闻闻它的气味、触摸它的表面、听听撞击它而发出的声音；如果还不满足，那就将它丢到坩埚里去煅烧，看看会发生怎样的变化。而对灵魂的认识我们却无处着手，全凭自身的想象力去信口胡诌，既不能证实又不能证伪，争来争去，终究无益。
因此，伏尔泰认为“我们把给以活力的东西叫做灵魂。由于我们知识有限，关于灵魂只知道这一点。”而只要肯承认这一点也就足够了。我们不需要对看不见、摸不着、闻不到的东西去多加解释，不能强行说它应当是什么样子——“人呐，留点心！凭着你微弱的理性你也没有更多证据说另外那个思想的灵魂是存在的。”——因此，我们可以对那些宣称灵魂无形、灵魂不死、灵魂无处不在的教士还以鄙夷之色，他们并没有比我们多出一个官能，凭什么说灵魂就是他们所描绘的那个样子呢？这些不懂装懂的无耻之徒！
对于灵魂，我们只知道它是“给以活力”的意思，仅此而已。承认这一点就是科学的态度，要以沉默来接受自己尚未知晓的东西，而不是用胡编乱造来掩饰无知。“灵魂”就像“以太”、“燃素”之类的东西，是人类认识的过程中，在描述未知本原时所使用的不完善范畴。当我们知道电磁传播不需要特殊的媒介、烈火焚烧也不需要特殊的粒子时，“以太”和“燃素”便消失在物理学之中了。同样，当科学证实生命、感觉与思想的那个“未知本原”之后，“灵魂”也将消失在哲学中。
洛克与伏尔泰无意于说明“灵魂”究竟是什么样子，也并不想跟教士们去争论灵魂应是黑的不是白的，而是要对灵魂论进行怀疑——教士们凭什么把生命、感觉与思想的原因归结为灵魂？他们凭什么说灵魂不生不灭？凭什么说灵魂能够脱离肉体而独立存在呢？难道这些教士拥有五个以上的感官，是比人类更高等的生物吗？
教士们对灵魂的论断全凭猜想，没有可靠的科学依据
要转变思维，扬弃掉古老的灵魂观念
古人的科学水平还很浅薄，对人体构造知之甚少，无力解释生命、感觉与思想的起源，所以才发明了灵魂这个范畴。就好比小孩子问父母“我是怎么来的”时，他们往往不知道如何作答。或者是出于羞涩、或者是对生物学无知、或者是表达能力欠缺、或者是觉得对小孩子没有认真解释的必要，父母常用“你是捡来的”之类遁词来回避问题，以免孩子继续追问下去。当你问一名教士：人的生命、感觉、思想是如何起源时？他也会用灵魂来作为遁词，向你抛出一个模糊不清的概念以避免做过多的解释。
古人的思维水平还没有达到科学的水准，他们不能在问题的范围之内解释清楚，所以常常要跑到外面去求助于遁词。他们不理解自然现象，所以才求助于超自然的力量。
对于科学思维与神学思维的区别，伏尔泰在《哲学辞典》中举了个生动的例子。有一个教士生平没见过钟表，有一天他拿到了一个能报时辰的英国表，看到时针指示的时间分毫不差。教士充满了好奇，他用手指一按，钟表立即铛铛作响。教士便根据固有的思维，认为这只表内有一个掌管刻度的灵魂，能够给予它活力。于是他便夸夸其谈，向信徒们大讲“钟表灵魂论”。而那个修表的师傅却怎么也听不懂教士的话，他拆开钟表，把内部零件展示给大家看，说钟表运动的原因就在它自身的构造之中；教士却怎么也不信，他大嚷大叫，说在钟表之外一定有一个未知的灵魂主宰着它，这名器械师父不懂哲学，因而愚昧无知，不能理解本原问题。
伏尔泰认为机械师傅代表的就是一种科学思维
其实人就像钟表一样，它的生命、感觉和思想都要从自己的身体构造去找原因。要研究组成人体的骨骼、器官与血液，弄懂躯体的神经与大脑，而不是到身体之外去杜撰一个灵魂出来自欺欺人。当我们弄明白身体的构造与消化系统、血液循环之后，也就知道自己为什么能活着了——假如我不吃不喝不睡，那个在我身体之外的灵魂又如何能主导我的生死呢？同样，当我们弄懂神经系统的运作原理之后，也就知道为什么人具有感觉和思想能力——并不需要到人之外去寻找灵魂来作为原因。
灵魂只是一个不成熟的概念，它是生命、神经、大脑、意识、欲望、精神等范畴的杂合物，当我们分离出这些范畴之后，灵魂也便被“稀释”掉了。
灵魂只是身体的一部分，是物质的一种属性，是我们在认识“思维”的过程中所经历的一个阶段。在这种阶段上，思维与存在表现为一种极端的对立——灵魂极力要与肉体划清界限，想要挣脱肉体而独立存在。科学的发现却证明这种做法是徒劳无功的，“思维”是人的思维，“存在”是人的存在，如果人不存在，何来思维？因此“思维”与“存在”乃是对立统一的矛盾关系，它们具有物质性与非物质性的区别，同时又统一在“人”之中，而每个人都是客观实在的，这不以他人的主观意志为转移。
