元太祖二十年秋天，西征七年的成吉思汗终于回到了蒙古草原。由于西夏背弃盟约，主将木华黎含恨而死。成吉思汗不顾64岁高龄，坚持亲自出征西夏。途中围猎受伤，高烧不起，但他仍坚持不退兵。西夏哪里是蒙古军的对手，夏末帝被迫派遣使者前来求和。
成吉思汗病危后，一直在六盘山休养。元太祖二十二年七月十二日，一代风云人物成吉思汗在清水县病逝。他的一生充满了争议，就连他的死因也不例外。正史记载成吉思汗是病死的，但由于年代久远，加上其他原因，导致他的真实死因众说纷纭，主要有以下几种说法。
第一，西夏王妃说。成书于康熙元年的《蒙古源流》记载，夏末帝见自己大势已去，便派使者前去向成吉思汗投降。他提出，只要成吉思汗宽限一个月的时间献城，就把自己最宠爱的妃子古尔伯勒津郭斡哈屯献给成吉思汗。西夏王妃有着西夏第一美人之称，成吉思汗见到她后，也被她的美貌所折服，英雄也难过美人关。
于是，成吉思汗答应了夏末帝的请求。谁知西夏王妃在侍寝后，趁着他放松警惕，加害成吉思汗的御体。守在外面的士兵听见成吉思汗的惨叫声，立即进来抓住了西夏王妃，以及传唤军医前来救治主子。没想到西夏王妃如此狠，咬掉了他的下体。成吉思汗苦苦支撑了7天，还是去世了。临终前，他留下遗言：秘不发丧，屠尽西夏。他的手下极力隐瞒此事，毕竟成吉思汗如此窝囊的去世，对蒙古铁骑来说是莫大的耻辱。所以，史书也只是一笔带过，没有详细记载。
第二，染病说。元太祖二十一年，成吉思汗以西夏不遵守条约为借口，再次出征西夏，发誓要为自己的爱将报仇，遭到了西夏军民的拼命抵抗。蒙古铁骑花了近一年的时间才攻下灵州，这时成吉思汗却染上了热病。加上旧伤发作，没过多久成吉思汗就病死了。
第三，中毒说。《马可·波罗游记》一书中说成吉思汗在进攻太津时，不幸膝部被敌军的毒箭射中。毒箭攻心，伤势越来越严重，从此他便一病不起，直到去世。
另外，还有被雷劈死的说法。成吉思汗因惹母亲生气而导致母亲去世，是不孝。蒙古人迷信上天会用雷电警告不孝的人。成吉思汗误入雷区，被雷电击中致死。总而言之，关于成吉思汗死因的说法有很多，但都没有确切的证据。
