地铁作为重要交通工具，不但极大缓解市民出行压力，而且能推动经济发展。目前，全国主要城市都以建设并开通了地铁，江苏南京早在2005年便开通了地铁1号线。
为支撑城市空间有序拓展、服务重点区域规划、进一步提升城市能级、建设长三角北翼中心城市，南通于2010年前后便开展了南通城市轨道交通线网规划。
南通城市轨道交通规划分为近期建设规划、中期与远景规划。
1.近期建设规划
近期建设规划包括地铁1号与2号线两条线路，于2014年获得国家发改委批复。
地铁1号线与呈长江基本平行的W型，是南通城市轨道交通网中西北至东南的骨干线路，全长39.182公里，共设车站28座。该线起自通州区平潮镇，经南通西站、老港闸区、汽车站、老城区、能达商务区等。后期将向东向南延伸至苏通产业园，全长预计会延长至63.8公里，以目前情况有望进入全国地铁长度前十。
地铁1号线每公里造价约7.1亿元，总投资约280亿。该线于2017年12月正式开工，目前已完成洞通、短轨通、首次热滑试验，预计2022年3月正式开通营运。
地铁2号线呈L型，串连通州区与崇川区。全长20.85公里，共设车站17座。该线造价略低，约在6.7-7亿之间，总投资约140亿元。该线起自幸福镇，经南通火车站、北大街、环西文化广场、体育公园与先锋镇等。
地铁2号线于2018年10月正式开工建设，计划2023年3月开通营运。
以上两线均采用B型车，最高时速可达100公里。两线在环西文化广场与青年路两站可换乘。未来南通站、南通西站与南通机场站均可不换乘直达老城区。
2.中期规划
南通地铁中期规划为3号与4号线。其中3号线东起天生港，西至锡通园区，全长约41.1公里。4号线为金沙南到市开发区江山路的南北走向线路，全长约38.4公里。
轨道交通建设投入高，有时会远超城市发展需要，相关部门于2018年出台申请地铁建设新标准，主要有3要素，地区生产总值大于3000亿，年一般性公共预算300亿以上，城区人口要达到300万。南通前两项远超标准，2017年时南通城区常住人口约为235万余，至使中期规划线路建设条件不成熟，未获有关部门批准。不过最新7普显示，通州区125万余，崇川区118万余，海门区99万余，光此3区已超300万，因此3号线与4号线获批应该不用等待太长时间
3.远期规划
远期规划为S1-S4号线，目前计划有江海快线与机场快线。
机场快线起自南通东站，经家纺城，规划中的新机场至通州湾。线路全长约75.6公里，设站8座。
江海快线起自南通西站，经中央商务区、苏通园区、海门区，终于新机场。线路全长约80.5公里，设站13座。
