会议期间神秘“失踪”
1955年3月15日，潘汉年乘上北去列车，参加3月21日至31日在北京召开的中国共产党全国代表会议。出席这次会议的上海市委代表还有陈毅、柯庆施、陈丕显、许建国、夏衍。陈毅为代表团团长。代表团成员下榻于北京饭店。
这次会议的主要议程有一项是关于高岗、饶漱石反党联盟的报告。在讨论会上，一些代表先后表态，并对自己与高、饶之间的关系作了自我检讨，同时交代了自己的一些问题。毛泽东在讲话中表示充分肯定，号召凡是和高、饶问题有某些牵连的或历史上有问题没有交代的高级干部，都应主动把问题向中央讲清楚。会上没来得及讲或不想在会上讲的，会后还可再写成材料，中央一律采取欢迎的态度。
这引起了潘汉年深深的思考。会议印发的关于饶漱石、杨帆在上海“重用、包庇和掩护一批反革命分子”的材料及胡均鹤1954年9月被逮捕，杨帆也于12月31日被送往北京隔离审查等事实，使潘汉年意识到饶漱石、杨帆的问题已经和他联系上了。因为他是上海市公安、政法的实际领导人，是杨帆的顶头上司，胡均鹤等人的处理意见，虽然最后由饶漱石拍板，但潘汉年不点头，胡均鹤也不能得到“重用”。他还有一块难于启齿的心病，那就是1943年在李士群、胡均鹤挟持下在南京会见汪精卫一事，一直没有向中央说清楚。
潘汉年感到应主动向中央讲清楚自己的问题，检讨过失。4月1日，潘汉年找到陈毅，详细讲述了12年前在李士群、胡均鹤挟持下去见汪精卫的经过。同时将自己写的有关报告交给陈毅，转告中央。
第二天，陈毅赴中南海向毛泽东报告了此事，并将潘汉年的材料交给毛泽东。毛泽东批示：此人从此不能信用。随后，作出逮捕审查潘汉年的决定，由时任公安部部长罗瑞卿亲自组织人员执行。
就在罗瑞卿向高院提出请求逮捕潘汉年的报告获准的同一天，4月3日，著名剧作家吴祖光和夫人新凤霞来看望潘汉年和夏衍，并一起吃饭。饭后，潘汉年回到房间。
晚上8时，潘汉年突然接到一个电话，说有人找他。由于毫无思想准备，潘汉年穿着拖鞋下楼。找他的人正是公安部部长罗瑞卿。
当潘汉年来到客厅，罗瑞卿立即向他宣布了对他逮捕审查的决定，然后由几名便衣干警“陪着”，走出北京饭店，乘上一辆小车。转眼间，小车便消失在夜幕之中。
由于此事的高度秘密，潘汉年周围的人都被蒙在鼓里，最焦虑的是潘汉年的警卫员相其珍。他马上到陈丕显、夏衍那里去打听，大家都说没有见到过他。
被捕消息对外保密
正当相其珍、夏衍等四处打听潘汉年去向时，上海市委第二书记陈丕显赶来对他们说：“你们不要着急，潘汉年有要事离开北京了。他到什么地方去了，我也不清楚。”为了防止张扬，中共中央副秘书长谭震林将潘汉年被捕的消息通知夏衍，嘱他一定要严守秘密。
潘汉年被捕之时，第一届全国人大常委会第九次会议正在召开。
4月5日，陈毅在人大上海代表团开会时宣布，潘汉年被捕了。他对代表们说：潘汉年从事革命工作多年，在上海的人大代表中就有很多和他相识或时有来往的，请不要担心。因为潘汉年是由内奸问题被捕的，这事发生在1943年。在这以前他做过许多工作，都是党中央交给的任务，并没有叛党的嫌疑。
显然，陈毅的话是留有余地的，他对潘汉年的所谓“内奸”问题表示了怀疑，也希望与潘汉年有来往的各代表有一个正确的态度。
潘汉年被捕的消息，除小范围内知道外，对外一律严加保密。上海代表团定了统一口径：有人问起潘汉年，就说他出国了。
被判处有期徒刑15年
潘汉年被捕的那天，1955年4月3日，押送他的小车将他带到公安部直属的功德林监狱。潘汉年一直呆到1960年3月，度过了将近5年。1960年3月，隶属公安部的秦城监狱刚刚落成，潘汉年就被移送到那里。1963年2月，在秦城过了两个秋冬后，潘汉年终于等来一个结案的判决通告。
1962年，在国内各方面政策有所调整的氛围中，毛泽东在1月30日七千人大会上所作的那篇著名的“宽松性讲话”中，再一次公开提到了潘汉年：“有个潘汉年，此人当过上海市副市长，过去秘密投降了国民党，是一个CC派人物，现在关在班房里头，但我们没有杀他。像潘汉年这样的人，只要杀一个，杀戒一开，类似的人都得杀。”
1963年1月9日，最高人民法院宣布终审判决：判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。不久，根据宽大处理的原则，最高人民法院又先后下达了《执行书》、《刑事裁定书》，宣布了潘汉年的刑期及开释的具体时间；鉴于潘汉年在押期间认罪服法、确有悔改之表现，而且服刑期已超过刑期二分之一以上，宣布将潘汉年予以假释，交公安机关管制。
和爱妻相聚在团河农场
1963年2月13日，潘汉年以“刑释管制分子”身份走出了秦城监狱。在公安部的安排下，转移到劳改农场——北京市南郊大兴县境内的团河农场。在农场他终于见到了日思夜想的爱妻董慧。
董慧在潘汉年被捕后第46天，即5月19日也被逮捕，被关进了功德林。只是狱方让他们绝对隔离，所以他们谁也不知道对方的半点音讯。在潘汉年移至秦城监狱后，1962年6月，董慧也以“参与潘汉年内奸活动”罪而被结案处理，并获得了“免于追究刑事责任”的宽大处理，被安排在秦城监狱的家属宿舍里。至此，两人才知道了对方的下落。待到潘汉年走出秦城，到了团河农场后，董慧也来到了他的身边。
在团河农场，潘汉年虽说是一个戴着“反革命”帽子的假释犯，但境遇却得到很大改善。有每月200元的生活费，有一个可以自由活动的天地。尤其是夫妇两人能在一起聊聊天，在自己的小院内养养花、种种树，还可以到附近的河沟里钓钓鱼，甚至被允许进城探亲访友。
当年的公安部副部长徐子荣不仅对团河农场上下都有所关照，还亲自与另外两个副部长到团河农场去看望过潘汉年。徐子荣还要潘汉年写些回忆资料，并指示公安部所属的群众出版社为潘汉年的写作提供必要的帮助。
潘汉年与董慧对团河农场生活还是比较满意的，情绪也相当稳定，对党和政府这样处理，在一定程度上表示满意甚至感激。
“文革”中再次入狱
潘汉年夫妇重新被投入监狱，是在“文革”爆发将近一年后。本来，潘汉年一案早已了结，但“文革”开始后不久，中央文革小组秉承林彪、江青的旨意，又把潘汉年一案重新端出来。
醉翁之意不在酒，他们的本意是想借“死老虎”为打倒“活老虎”寻找“罪证”。于是，一场更大的劫难降临到潘汉年、董慧的头上。
1967年3月，中央文革小组向原潘汉年专案组有关人员进行调查，搜集潘案的主要负责人罗瑞卿、徐子荣等“包庇”潘汉年的“罪行”。与此同时，又给公安部下达了一纸书面命令：“请谢富治同志把杨帆、饶漱石、潘汉年抓起来。”
1967年5月22日，潘汉年与董慧被带到秦城监狱。直接受江青指挥的新的专案组，站在“最最革命的立场”上，对潘汉年采取了“最最革命”的行动，他们不仅将潘汉年的生活标准降低到最低的限度，而且对他进行不停顿的审讯和无休止的折腾，给潘汉年造成了雪上加霜的苦痛。他病倒了。
经过近3年“最最革命”的审查及大规模的内查外调，在没有发现任何新材料的情况下，1970年7月3日，专案组向中央文革小组建议将潘汉年永远开除党籍，判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。专案组将上述报告呈送江青，经江青转呈毛泽东、林彪、黄永胜、谢富治、叶群、李作鹏等圈阅同意。
然而，真正执行这一刑事意见报告却是1975年3月后的事。1975年5月29日，潘汉年案的专案组在报请批准，决定对他维持1970年7月上述判刑意见的基础上，会同湖南省、公安部及秦城监狱，联合派人将潘汉年送到湖南省公安厅所属的第三劳改单位茶陵县洣江茶场。临行前，潘汉年还被告之，董慧将与他同去洣江。
以萧叔安之名告别尘世
在洣江茶场，一间坐落于场部办公楼与职工宿舍之间的土红色砖墙、瓦顶小平房。它就是伴随潘汉年、董慧度过最后岁月的住房。
潘汉年的肝功能本来就有毛病，虽然后来被排除癌症，由于得不到治疗，身体一直不好。到茶场后，他的生活尚能自理，还坚持每天打太极拳，做些轻微的家务劳动，到木工房买些碎木块引火，有时甚至亲自用泥和煤拌和做藕煤。
与潘汉年相比，董慧的身体就更差了。初到茶场时，董慧的身体很弱。加之腿残疾行走不便，高血压病也越来越重，茶场领导为照顾他们，特派一个名叫王芝兰的职工家属去照料董慧的日常生活。
经过一段时间的休养、治疗，董慧的身体状况有所好转，说话也有了力气，精神也比较正常了。后来，她弟弟给她送来一把轮椅，她由潘汉年推着在场部范围内转转，有时看看电影。董慧还诙谐地说：“他的劳改任务就是照顾我!”
1976年冬天，潘汉年的肝病迅速恶化，加之这期间又患了类风湿症，手脚麻木，浮肿，生活也渐渐不能自理。1977年2月24日，潘汉年到了卧床不起的病危状况，经湖南省公安厅报请省委批准，把潘汉年改名换姓后，转长沙治疗。
他被抬上救护车，临走前他对董慧说：“我会回来的，你放心!”到长沙后，由湖南省公安厅同志陪同，潘汉年被送进湖南省医学院第二附属医院（原湘雅医院），住院登记本上用的是“萧叔安”的名字。
潘汉年被确诊为“多肿肝”，同时还患有慢性支气管炎、类风湿关节炎、贫血、消化道出血、肺部感染等多种病症。虽然医院采取必要的治疗措施，进行了输血和用冻干血浆抢救，但一切都为时已晚。
4月14日下午，董慧被送到病房看望潘汉年。见面后，两人都哭了。董慧安慰潘汉年：“你安心休息，要有信心，要安静。”
当天19时45分，潘汉年离开了人世，终年71岁。董慧从长沙招待所赶到医院，向潘汉年的遗体告别。医院领导、医生把潘汉年的病情和抢救经过向董慧作了交代。为了研究病因，经董慧同意，医院对潘汉年的遗体进行解剖，结果发现他的腹腔与胃部全都是瘀血，而肝脏烂得像豆腐渣一样。潘汉年的遗体于4月17日在长沙市火葬场火化，他的骨灰被埋葬在长沙市南郊金盆墓地西侧半山腰。因为不能用真名，潘汉年的墓碑上只能这样写道： 77-652萧叔安之墓 1977年4月14日病故 妻董慧立。
1982年8月23日，中共中央向全党发出了《关于为潘汉年同志平反昭雪、恢复名誉的通知》，《通知》将强加于潘汉年头上一切莫须有的“罪名”统统推翻了。
这时，距潘汉年被捕为27载4个月零20天，距离潘汉年逝世为5年4个月零9天。
